柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营终了，绕道欣赏西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔一切者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参与开幕仪式美绪引见下，他们看法以画富士山知名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一应战）、天赋顺序员原。时期灰原的举动异常。 

大木延迟入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。由于现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效能的、以酒名为绰号的黑暗组织，并留意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的缘由，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。